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Reference Manager (in progress)
Per un ricercatore saper trovare articoli e gestirli in maniera da trovare velocemente ciò che gli interessa è una parte importante dell'attività di ricerca. È importante quindi l'uso di un reference manager che nasce prima di tutto per soddisfare il secondo degli obiettivi detti sopra ma che può anche dare una mano sul primo.
I reference manager scelti per il confronto
In questo articolo confronterò 3 reference manager. Li ho scelti in base a criteri ben precisi: sono gratuiti, si interfacciano con i tre programmi di scrittura più famosi (Microsoft Word, LibreOffice Writer e LaTeX) e sono multipiattaforma, tranne uno che gira solo su Windows ma che presto verrà portato su altre piattaforme.
Facciamo una breve presentazione di questi 3 strumenti. JabRef: nasce nel 2003 ed è attivo tutt'ora. Perfetto per LaTeX. Mendeley Desktop: nasce nel 2008 come interfaccia verso la rete del progetto Mendeley, un network per scambiarsi informazioni bibliografiche online. Si integra bene sia con Word che con OpenOffice e può mantenere aggiornato un file BibTeX da usarsi con LaTeX. Qiqqa nasce a metà del 2010 e da subito introdusse l'OCR dei pdf! Si integra con Word e può esportare il db in formato BibTeX da usarsi con LaTeX.
Forse vi starete chiedendo per quale motivo non ho preso in considerazione Zotero. Prima di tutto perché per usarlo è necessario usare Firefox, essendo un'estensione di quest'ultimo, e poi perché il supporto per BibTeX è scarso. Permette sì l'export del db in formato BibTeX, ma l'operazione deve essere fatta a mano ogni volta che la bibliografia viene aggiornata, mentre in Mendeley per esempio c'è una sincronizzazione apposita per mantenere il file BibTeX aggiornato.
Ecco una tabella comparativa di questi tre prodotti.
| Caratteristica | JabRef | Mendeley | Qiqqa |
|---|---|---|---|
| Born | 2003 | 2008 | 2010 |
| Active | yes | yes | yes |
| Advertising | no | no | yes |
| License | GPLv2 | Proprietary | Proprietary |
| Platform | all | all | Windows |
| Language | Java | C++/Qt | ?/.NET |
| Requirements | Java | -- | .NET |
| Disk requirement | 13 MB | 65 MB | 44 MB |
| DB format | BibTeX | SQLite | BibTeX |
| pdf metadata (read/write) | yes | yes | yes |
| Word integration | by BibTeX4Word | by plugin | by plugin |
| OO Writer integration | by plugin | by plugin | no |
| LaTeX integration | yes | BibTeX sync export | BibTeX saving |
| Integrated pdf reader | no | yes | yes |
| pdf annotator | -- | yes | yes |
| OCR | no | no | yes (Tesseract) |
| Groups | yes | ? | ? |
| Multiple db | yes | ? | ? |
| Math conventions | yes (TeX) | no | no |
Usabilità
JabRef
Mendeley
Qiqqa
Le prestazioni
Prima di tutto confrontiamo le prestazioni. JabRef è scritto in Java e quindi, a parità di complessità di codice, l'esecuzione è leggermente più lenta rispetto a Mendeley e Qiqqa. Inoltre JabRef è nato per gestire bibliografie in formato BibTeX, cioè scrivendo tutte le reference semplicmente in uno o più file di testo con estensione .bib. Mendeley e Qiqqa usano invece un db relazionale (libreria SQLite il primo, mentre l'altro con ? e le librerie .NET) e pertanto sono sicuramente più veloci nelle query e nel mantenere il db, soprattutto se avete db con più di mille record. In realtà le funzione avanzate di Mendeley e soprattutto di Qiqqa rallentano di molto l'esecuzione di questi programmi rendendoli comparabili se non più lenti di JabRef.
Ora veniamo alla dimensioni. L'installer di JabRef è di circa 7 MB, quello di Mendeley più di 22 MB e quello di Qiqqa è circa 40 MB. Una volta installati la cartella di JabRef occupa circa 7 MB, quella di Mendeley circa 65 MB e quella di Qiqqa circa 73 MB. Da notare che Qiqqa usa la tecnologia Microsoft ClickOnce. Questo permette che l'applicazione si installi direttamente dalla pagina web, senza passare per un classico installar. Questa tecnologia impedisce una installazione globale ma solo per utente e comporta che il programma si aggiorni automaticamente. In realtà Mendeley e Qiqqa hanno più funzioni di JabRef. La più pesante di tutte è certamente il lettore di pdf integrato che supporta i commenti al pdf e può gestire anche l'estrazione e l'analisi del testo contenuto nei pdf stessi.
Integrazione con i programmi di scrittura
JabRef è perfetto per l'uso con il mondo TeX. I database BibTeX possono essere usati con Microsoft Word tramite un'estensione di Word (BibTeX4Word) che necessita però di una distribuzione TeX installata per funzionare. Con OpenOffice invece l'integrazione è possibile direttamente da JabRef, tramite un plugin, senza l'uso di una distribuzione TeX installata.
Mendeley si integra perfettamente con Microsoft Word e OpenOffice Writer. Per abilitare queste funzionalità bisogna andare su Tools -> Install MS Word Plugin e Tools -> Install OpenOffice Plugin. Dato che la bibliografia di un documento LaTeX deve essere composta con BibTeX o programmi derivati Mendeley si limita a esportare parte o tutto il suo db in formato BibTeX in modo che può essere usato in un documento LaTeX senza problemi. È chiaro che questa conversione può non essere perfetta. Inoltre Mendeley non ha la stessa espressività tipografica di LaTeX, pertanto particolari caratteri dei nomi e espressioni matematiche nei titoli non so come vengono rese nel db BibTeX.
Qiqqa invece ha un approccio molto interessante. Ogni record del database contiene una voce speciale in cui può essere salvato il codice BibTeX che si userebbe in un database .bib. Quando viene esportato il database in formato .bib, i record che hanno specificato anche il codice BibTeX useranno, senza alcuna modifica, quel codice, mentre per le altre sarà fatta una trasformazione dal linguaggio interno di Qiqqa a quello di BibTeX.
Strumenti di collaborazione
JabRef è un semplice gestore di bibliografie locali. Non mette a disposizione alcuno strumento di collaborazione, di sincronizzazione o di gestione remota dei propri database. Al contrario Mendeley e Qiqqa nascono proprio con questo obiettivo: fornire uno strumento di gestione delle reference ma soprattutto dare la possibilità di avere un account per entrare in una rete di scambio di articoli. Mendeley infatti vi obbliga a registrarvi mentre Qiqqa no ma ve lo consiglia fortemente. Mendeley vi dà 500 MB di spazio gratuito espandibile a pagamento. Qiqqa vi dà invece 200 MB. Questo spazio può essere usato per salvare i vostri articoli e per poterli scambiare con altri ricercatori.
Caratteristiche aggiuntive
Il lettore pdf di Mendeley è molto buono. Mendeley ha qualche piccola imperfezione nell'interfaccia grafica. Anche l'import dei pdf funziona piuttosto bene. Non sono riuscito a capire se il check tramite il DOI viene fatto sempre o meno. Infatti sembra di sì ma se clicco sul tasto per fare il lookup manuale tramite il DOI, spesso i dati cambiano leggermente.
I tipi di record bibliografici. BibTeX nacque nel 1985 e viene tutt'ora usato per documenti di ogni tipo e genere. Pertanto i tipi di voci della bibliografia sono ben studiati. Mendeley sembra più carente da questo punto di vista. Ecco una tabella comparativa dei tipi di record: BibTeX Mendeley ---------------------------------------- article book booklet conference inbook incollection inproceedings manual mastersthesis misc phdthesis proceedings techreport unpublished I plugin per Word e OpenOffice mancano di tutta una serie di finezze tipografiche: supporto multilingua, controllo sulle particelle del cognome, ... Se passate da BibTeX a Mendeley vi troverete di fronte al problema di dover importare db BibTeX in Mendeley. Questa operazione è facile ma comporta la perdita di molti dati. I collegamenti ai file vengono persi in questo passaggio. Vengono persi i gruppi. Inoltre tutti i comandi LaTeX non vengono processati, vengono al massimo eliminati i caratteri speciali ($, %, ecc...). Questo significa che oltre ai titoli degli articoli vengono meno tutti gli accenti speciali dei nomi degli autori. In compenso se avete messo i DOI nel vostro db BibTeX potete sovrascrivere i dati importati tramite il lookup del DOI. Mendeley controlla per voi, tramite il DOI, il riferimento bibliografico, e aggiorna tutto di conseguenza. Quelli di Mendeley dovrebbero adottare un linguaggio di markup (quello di LaTeX?) per scrivere matematica nei titoli in maniera univoca o per scrivere strani accenti sui nomi degli autori anche se in questo caso si potrebbe obbligare l'utente a usare unicode tramite una mappa caratteri integrata. Dopodiché nel momento che il record bibliografico viene usato in Word o in OpenOffice o esportato in un file BibTeX allora tale markup verrà convertito nella maniera opportuna per ogni situazione. Il problema dell'importazione è che \"{o} viene riconosciuto ma non \"o. Lavorare con LaTeX e Mendeley non è troppo difficile. Il db è quello di Mendeley che viene sincronizzato con un file BibTeX usato in LaTeX. Tools -> Options... -> BibTeX. Di default viene creato il file library.bib nei vostri documenti. C'è il problema delle graffe per mantenere le lettera maiuscole. Le lettere accentate vengono correttamente esportate con i comandi di LaTeX. Le chiavi BibTeX sono della forma cognomeANNO più lettera progressiva in caso di più entry con la stessa chiave. Purtroppo non c'è modo di modificare in maniera più fine queste chiavi. Per esempio come si fa in JabRef dove si possono mettere dei suffissi e scegliere esattamente la forma della chiave. La chiave in Mendeley si può cambiare ma solo per il singolo record, non in maniera automatica per tutti.
Conclusioni
JabRef - OpenOffice
In questa sezione e nella successiva ci occuperemo dell'uso di un database BibTeX rispettivamente
con OpenOffice e Microsoft Word. Prima di tutto spieghiamo che per fare questo serve un programma
che si occupi di leggere e scrivere nel nostro documento, più o meno come fa bibtex.
bibtex infatti legge le citazioni fatte nel nostro documento LaTeX e prepara la bibliografia
che poi verrà usata automaticamente in fase di compilazione. Per OpenOffice e Word la situazione
è molto simile. Ci servirà un programma che possa inserire nel nostro documento le citazioni,
che possa leggere l'intero documento per poi preparare la bibliografia con uno stile a nostra scelta
e infine che possa scrivere la bibliografia così preparata. Questo significa che OpenOffice e Word
devono essere configurati per poter essere usati da altri programmi.
Per OpenOffice queste operazioni sono svolte da un apposito plugin di JabRef. Per installarlo è sufficiente andare alla pagina ufficiale del plugin. Copiate il link del download e usatelo nel "Manage plugin" di JabRef. Se volete fare un primo test rozzo potete scaricarvi anche lo stile di default e copiarlo manualmente nella cartella di JabRef o da qualsiasi altra parte.
Come funziona: il plugin scrive direttamente nel file .odt. Per farlo si deve connettere al documento. Connect.
I problemi con OpenOffice non inglese
Lo stile di default fa schifo. Per questo motivo ho preparato alcuni stili personalizzati.
- bic_nat.jstyle: numeric citation style, alphabetically ordered bibliography, with article titles.
- bic_nct.jstyle: numeric citation style, citation ordered bibliography, with article titles.
- bic_nant.jstyle: numeric citation style, alphabetically ordered bibliography, without article titles.
- bic_ncnt.jstyle: numeric citation style, citation ordered bibliography, without article titles.
- Ricordarsi di creare uno stile per i paragrafi specifico per la bibliografia. Questo perché è bene modificare alcune particolarità, per esempio la distanza tra un paragrafo e l'altro che nella bibliografia corrisponde a uno spazio tra un record e l'altro.
- come mettere il maiuscoletto (prob. non si può).
- come gestire un po' meglio le graffe e la matematica spicciola
- il mal funzionamento con localizzazioni di OpenOffice diverse dall'inglese
- Quando si usa uno stile di citazione numerico bisogna sincronizzare se si vuole vedere il numero della citazione.
- Purtroppo in uno stesso documento si può usare un solo database alla volta.